Yoshika Miyafuji pasa sus días tranquilamente después de regresar a su ciudad natal. Su antigua oficial superior, Mio Sakamoto, y otras personas organizaron para que Yoshika pudiera estudiar en una escuela de medicina en Europa. Yoshika regresa a Europa junto a Shizuka Hattori, quien fue alumna de Sakamoto en la academia naval. A medida que Yoshika vuelve a Europa y surgen nuevas señales de los Neuroi, las demás exintegrantes del 501st Joint Fighter Wing, que estaban dispersas en distintos lugares, también comienzan a reunirse. Entonces, un Neuroi muy poderoso aparece frente a Yoshika y Shizuka.