Shelter cuenta la historia de Rin, una chica de 17 años que vive su vida dentro de una simulación futurista completamente sola en una soledad infinita y hermosa. Cada día, Rin se despierta en la realidad virtual y usa una tableta que controla la simulación para crear un mundo nuevo, diferente y hermoso para ella. Hasta que un día, todo cambia y Rin descubre los verdaderos orígenes de su vida dentro de una simulación.