La historia comienza un mes después del inicio del incidente de Sword Art Online. De las 10,000 personas atrapadas al principio, 2,000 ya han sucumbido y el primer jefe ni siquiera ha sido derrotado aún. Poco a poco, los jugadores pierden la esperanza, pero un grupo decide darlo todo e ir a desafiar al jefe en el primer piso. Es en esta ocasión Kirito y Asuna se encontrarán por primera vez.