"Si Dios creó este mundo en 6 días, lo destruiré en 60 minutos y crearé un paraíso". De repente, aparece un hombre misterioso llamado S / Kamen Rider Eden, acompañado por miles de creyentes. Mientras tanto, se producen simultáneamente varios ataques terroristas a gran escala en todo el mundo. Mientras las personas caen una tras otra y el mundo está en confusión, Aruto Hiden se pone de pie para detener a S mientras Isamu Fuwa, Yua Yaiba, Gai Amatsu, Jin y Horobi luchan por aprender la verdad. ¿Qué significa S, que muestra una fuerza increíble, para el paraíso que está tratando de crear?