Un objeto misterioso ataca y destruye cualquier barco o submarino. El submarino 707 tiene la misión de buscar ese misterioso objeto, cuando es convocado por una ballena para seguirlo. La ballena los lleva al mundo de Mu. Pero en el camino se encuentran con el misterioso objeto. Descubren que es el Comandante Red Silver, quien había atacado el mundo de Mu para obtener las fuentes de magma de Mu. Submarine emprende la batalla para derrotar a Red Silver y salvar a Mu y al mundo.