La historia de Shisha no Teikoku tiene lugar en la Europa del siglo XIX y gira en torno a John Watson. El gobierno lo ha escogido para que se convierta en un agente secreto. Sin embargo, Watson vive en un mundo donde los Frankensteins -cadáveres humanos que son readaptados con un alma falsa para usarlos como mano de obra- se utilizan para mejorar el desarrollo industrial.