En 1999, la UNSC (United Nations Scientific Council) ha reunido a todos los grandes monstruos en una zona de la isla de Ogasawara denominada Monsterland, con el objetivo de estudiarlos a fondo, controlándolos mediante un complejo campo electromagnético. Entre los monstruos kaijus se encuentran nada menos que: Godzilla, Mothra, Ghidorah, Rodan, Baragon, Varan, Kumonga, Manda, Minilla, Gorosaurus y Anguirus. Sin embargo los Kilaaks, una raza extraterrestre, pretende esclavizar la Tierra y boicotea los sistemas de comunicación de la isla y controla mentalmente a los monstruos, que se lanzan a una frenética carrera de destrucción por todo el mundo.