Raíces de agua es una mirada a un lugar emblemático de México, Xochimilco, Patrimonio Cultural de la Humanidad, que es visto a través de los ojos de investigadores y agricultores que luchan por conservar su herencia de saberes ancestrales, su biodiversidad y su legado agrícola, amenazado y casi al borde de la extinción debido a la contaminación y al crecimiento de la mancha urbana.