La historia del personaje principal X , un robot que el Dr. Light selló hace décadas porque su investigación estaba incompleta . Un mundo donde coexisten humanos y robots con circuitos de pensamiento similares a los humanos, " Reploids ", (hay robots que solo son usados ​​por humanos, y esos robots se llaman "Mechaniroids"). En un mundo así, al igual que los humanos cometen delitos, algunos Reploids y Mechaniroids también se descomponen y cometen delitos. El " Cazador Irregular " es una agencia especial organizada para destruir y borrar rápidamente a los llamados "Irregulares ".